1-      تصویب برنامه استراتژیک پژوهشکده هماهنگی به منظور اجرای برنامه های کلان براساس اسناد بالادستی مربوطه و مصوبات معاونت تحقیقات و فناوری وزارت  بهداشت، درمان و آموزش پزشکی و دانشگاه

2-      بررسی و تصویب تعیین برنامه های عملیاتی، بودجه سالیانه و خط مشی های کوتاه مدت، میان مدت و بلند مدت پژوهشکده

3-      تصویب خط مشی پژوهشکده برای ارتباط علمی با سایر مراکز آموزشی و پژوهشی در محدوده ضوابط موجود

4-      بررسی و تصویب گزارش سالیانه فعالیت های پژوهشکده

5-      پیشنهاد تغییر مواد و یا اصلاح اساسنامه جهت تصویب به وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی

6-      تایید صلاحیت اعضای شورای پژوهشی و اعلام به رئیس پژوهشکده برای ابلاغ حکم انتصاب ایشان برای مدت مشخص

7-      بررسی و تصویب نحوه همکاری های بین المللی پژوهشکده

8-      برگزاری جلسات شورایعالی یک بار در سال و در صورت درخواست رئیس پژوهشکده در مقاطع زمانی مورد نیاز

9-      بررسی درخواست رئیس پژوهشکده مبنی بر نیاز به راه اندازی مراکز تحقیقاتی بیشتر، و در صورت نیاز تصویب آن جهت طی مراحل بعدی